Urinveisinfeksjoner (UVI) er blant de vanligste bakterielle infeksjonene i verden.
I dag er standard urindyrkning metoden som brukes for å identifisere sykdomsfremkallende bakterier og bestemme deres antibiotikasensitivitet. Denne metoden tar omtrent 48–96 timer, og bidrar dermed til utviklingen av antimikrobiell resistens.
DNA-sekvenseringsmetoder basert på Nanopore-teknologi kan muliggjøre rask profilering, men det er gjort lite arbeid for effektivt å fjerne verts-DNA og urenheter fra komplekse UVI-prøver.
– I denne studien evaluerte vi flere egenutviklede metoder for å møte denne utfordringen, og den «optimaliserte metoden» presterte best. Den robuste ytelsen til metoden ble også bekreftet gjennom testing på en stor kohort av kompliserte UVI-prøver fra urologisk avdeling, skriver Bellankimath til inn.no.
Metodens kliniske anvendelse går utover UVI-prøver, noe som ble demonstrert ved bruk i blodkulturer.
– Den utviklede metoden har derfor potensial til å endre måten UVI diagnostiseres raskt på, ifølge stipendiaten.
Anurag har gjennomført doktorgradsarbeidet sitt ved ph.d.-programmet Anvendt økologi og bioteknologi på studiested Hamar.
Tittelen på avhandlingen hans er «Transforming urinary tract infection diagnostics: clinical metagenomics for rapid pathogen identification and antimicrobial resistance profiling».
- Her finner du mer informasjon om disputasen til Anurag Basavaraj Bellankimath 17. juni 2026
- Here you can find more information about Anurag Basavaraj Bellankimath´s defence the 17th of June, 2026
Hovedfunn i doktorgradsarbeidet:
- Det er mulig å isolere DNA direkte fra urinprøvene og identifisere både sykdomsfremkallende mikrober og tilhørende antimikrobiell resistensgener (ARG) ved hjelp av Nanopore-sekvensering.
- I en «proof-of-concept»-studie ble en optimalisert metode, sammen med andre egenutviklede metoder, testet på en kohort av pasientprøver med kompliserte urinveisinfeksjoner. Den optimaliserte metoden oppnådde de beste resultatene for identifisering av patogener (nøyaktighet 99 %, sensitivitet 99 %, spesifisitet 100 %) og prediksjon av antibiotikasusceptibilitet (nøyaktighet 90 %, sensitivitet 68 %, spesifisitet 95 %) av alle metodene som ble testet. Metoden er rask (≈ 4 timer) og kostnadseffektiv (omtrent 36 dollar per prøve).
- Videre validering av den optimaliserte metoden på en større utvalgskohort bekreftet at metoden har stabil ytelse, med små forbedringer i prediksjonen av antibiotikasusceptibilitet.
- Metoden har også et større potensial for klinisk bruk, noe som ble vist gjennom den første utprøvingen på blodkulturer.