Antimikrobiell resistens (AMR) er evnen mikrober har til å motstå legemidlene vi bruker for å behandle dem. Det er en av de største globale helsetruslene og fortsetter å øke, med anslag som tyder på 10 millioner dødsfall per år innen 2050.
Denne økningen skyldes hovedsakelig feilbruk og overforbruk av legemidler som antibiotika.
– I helsetjenesten må man i dag bruke tidkrevende tester for å finne den beste behandlingen for hver enkelt infeksjon, noe som kan ta 2–7 dager. Å utvikle raske tester kan bidra til bedre pasientbehandling og til å bekjempe økende AMR, forteller Branders.
En måte å få til det på er å bruke noe som kalles DNA-sekvenseringsbaserte metoder. Det har vist seg å være en lovende moderne tilnærming, men krever svært kompleks dataanalyse.
– I avhandlingen min har jeg utviklet fire brukervennlige programvareverktøy, som ved hjelp av nye algoritmer kan oppdage mikrober i pasientprøver og forutsi optimal behandling, sier Sverre Branders.
En rask, sekvenseringsbasert test ble optimalisert og evaluert i en reell sykehuskontekst. Og resultatene var gode.
– Testen kunne identifisere mikroben og foreslå et optimalt antibiotikum på bare fire timer, med tilsvarende nøyaktighet som dagens «gullstandard»-tester, forteller stipendiaten på ph.d.-programmet Anvendt økologi og bioteknologi i Hamar.
Tittelen på avhandlingen til Sverre Branders er «Machine Learning Solutions for Rapid Diagnostics of Infection and Antimicrobial Resistance».
- Her finner du mer informasjon om disputasen til Sverre Branders 10. juni 2026
- Here you can find more information about Sverre Branders´s defence the 10th of May, 2026
Hovedfunn i doktorgradsarbeidet:
- MysteryMaster er en ny tilnærming for klassifisering av demultiplekset Nanopore-sekvenseringsdata som kan gjenfinne opptil en tredjedel av tidligere uklassifiserte data. Dette nye verktøyet gjør det enklere å feilsøke deklassifisering av strekkoder og tilbyr en algoritme som kompletterer standardmetoder.
- Voyager implementerer to nye algoritmer: SMDS for rask, minneeffektiv mapping av lange sekvenser, og en dekonvolusjonstilnærming for dynamisk korrigering av falske positiver. Voyager kan skille mellom ulike stammer og overgår dagens verktøy på femten metagenomiske datasett.
- K-MARVEL muliggjør svært nøyaktig påvisning av resistensgen-varianter og punktmutasjoner direkte fra rå sekvenseringsdata, med både bedre nøyaktighet og betydelig raskere kjøretid enn eksisterende metoder.
- Mango er en visuell korrelasjonsleser for enhver type tabulærdata og mønstre av korrelasjon i storskala datasett.
- En sekvenseringsbasert metode for rask diagnostikk ble optimalisert og evaluert på en klinisk kohort av pasienter med kompliserte urinveisinfeksjoner. Metoden har en svartid på bare fire timer og kunne identifisere sykdomsfremkallende mikrober med 99 % nøyaktighet og forutsi antibiotikaresistens med 90 % nøyaktighet.