Language: NOR | ENG

Bioinformatikk & Bio-oppdagelse (B&B)

bioinformasjon illustrasjon

Overordnet mål for forskningsgruppen B&B er å styrke forskningen i bioinformatikk og bio-oppdagelse ved HINN, for å tiltrekke ekstern finansiering og bidra til publisering i høyt rangerte internasjonale tidsskrifter. 

For å oppnå dette, har vi satt følgende delmål

  • Tilby støtte i bioinformatikk til alle pågående prosjekter og nye forskningssøknader
  • Igangsette prosjekter, både forsknings- og innovasjonsdrevne, for å muliggjøre verdiskapning fra bioråstoff
  • Vedlikeholde og utvikle essensielt vitenskapelig utstyr, både analytiske og prosessaktige plattformer, slik at det kan drives allsidig forskning innen bio-oppdagelse og bioinformatikk
  • Stimulere samarbeid og samhandling med andre forskere og med industripartnere, for å styrke felles forskningssøknader

Bioinformatikk

Moderne biologisk forskning involverer oftest anvendelse av matematikk, statistikk eller beregningsverktøy for å analysere biologiske data. Ulike typer av informasjon benyttes for å besvare spesifikke biologiske spørsmål. Bruk av matematiske beregningsverktøy er i dag en integrert del av biologien. Kombinasjonen av biologi og bruk av beregningsverktøy har skapt et nytt fagfelt som i dag er kjent som bioinformatikk.

Bioinformatikk involverer bruk av datakraft for lagring, gjenfinnelse, analyse og visualisering av informasjon relatert til biologiske makromolekyler som DNA, RNA og proteiner.

Bio-oppdagelse

Bioøkonomi er produksjon og omdannelse av fornybare biologiske ressurser og restråstoffer, til verdifulle produkter. Produkter kan være mat, fôr, fiber, bioaktive stoffer og bioenergi. Bio-oppdagelse /prospektering er framhevet som ansatsen mot å nå målene for bioøkonomien i det 21ste århundre. Et viktig prinsipp i bioøkonomien er å utnytte alle verdiene som finnes biomasse og restråstoffer og la minst mulig gå til spille.

Bioprosessteknologi (BPT) er metodene og verktøyene vi nytter for å hente ut og isolere disse stoffene - både i laboratoriet og i stor skala. Med fysisk, kjemiske og enzymatiske metoder kan vi skille selv små molekyler fra hverandre og få dem laget i en renset, virksom form. Når vi bruker bioprosessteknologi økes merverdien av råstoffet og viktige næringsstoffer tas inn igjen i et større kretsløp.

Eksempler på prosjekter

Maskinvare

  • Server 1: 72 cores, 1 TB RAM, 30 TB storage
  • Server 2: 56 cores, 512 GB RAM, 24 TB storage
  • 2 DELL Precision Tower Linux Workstations
  • Tilgang til norsk bioinformatikk-infrastruktur som StoreBioinfo, NelS, Stallo supercomputer

Programvare

  • Schrodinger Small Molecule Drug Discovery suite
  • Schrodinger Biologics suite
  • CLC genomics workbench
  • Omicx Box

I tillegg et antall open source programmer og nettbaserte tjenester.

Forskningsplattformer / metoder

  • Fermentering – lab (3 L) og pilot (75 L) reaktor (Bioengineering), rysteinkubator 6 x 2 L (NB)
  • Proteinrensing – Automatisert biokromatografi på GE ÄKTA Pure / Start. Ekspanded Bed (EBA) og Radial Flow (RFC) pilotskala-kolonner. Crossflow ultra- /mikrofiltrering (Millipore/Pall).
  • Naturstoff isolering – faststoff/væske ekstraksjon
  • Diverse analytiske instrumentplattformer

Samarbeidspartnere

Nasjonalt

  • OUS - Prof. Kjetil Tasken, Director Inst. Cancer Research, Radiumhospitalet
  • OUS – Dr. Arne Michael Taxt (Ullevål)
  • UiO – Profs. Fernanda Petersen & Sundeep Sahay, Dr. Jan Haug Anonsen
  • UiT – Profs. Ruth Paulsen, Arnfinn Sundsfjord
  • Folkehelse Institutt – Dr. Umaer Naseer
  • UNN – Prof. Ørjan Samuelsen; UiB - Profs. Vidar Bakken & Audun Nerland
  • NOFIMA, Ås - Drs. Astrid Nilsson & Stefan Sahlström
  • NMBU, Ås - Prof. Gerd Vegarud and Dr. Kamalpreet Kaur
  • Graminor – Dr. Muath Alsheikh
  • Geno – Dr. Trygve Roger Solberg

Internasjonalt

  • KTH, Stockholm – Prof. Ahmed Hemani
  • Uppsala University – Dr. Manfred Grabherr
  • Univ. of York, UK - Drs. Raymond Sloan and Mark Gronnow
  • Indian Council of Medical Research – Dr. Harpreet Singh
  • All India Institute of Medical Sciences – Profs. Punit Kaur and Arti Kapil
  • Tallinn University, Estonia/Indian Institute of Technology – Prof. Kolin Paul
  • South Bohemian Univ., Czech Republic Profs. Jan Bartov & Veronica Bartova
  • University of Århus, Denmark - Prof. Lotte Bach-Larsen

Relevante kurs

BSc:         

  • 2BT201 Bioprocess Technology (15 ECTS, autumn)
  • 2BT211 Industrial biotechnology (5 ECTS, spring)  

MSc:         

  • 2BIO012 Bioinformatics and Biostatistics (15 ECTS, spring)
  • 2BIO035   Bioprocess Technology (5 ECTS, spring)

PhD:         

  • Bioinformatics and biostatistics (5 ECTS)
  • Structure and function of biological macromolecules (10 ECTS)
  • Seminars in bioprocess technology (5 ECTS)