Bioinformatikk & Bio-oppdagelse (B&B)

For å oppnå dette, har vi satt følgende delmål

• Tilby støtte i bioinformatikk til alle pågående prosjekter og nye forskningssøknader
• Igangsette prosjekter, både forsknings- og innovasjonsdrevne, for å muliggjøre verdiskapning fra bioråstoff
• Vedlikeholde og utvikle essensielt vitenskapelig utstyr, både analytiske og prosessaktige plattformer, slik at det kan drives allsidig forskning innen bio-oppdagelse og bioinformatikk
• Stimulere samarbeid og samhandling med andre forskere og med industripartnere, for å styrke felles forskningssøknader

Bioinformatikk

Moderne biologisk forskning involverer oftest anvendelse av matematikk, statistikk eller beregningsverktøy for å analysere biologiske data. Ulike typer av informasjon benyttes for å besvare spesifikke biologiske spørsmål. Bruk av matematiske beregningsverktøy er i dag en integrert del av biologien. Kombinasjonen av biologi og bruk av beregningsverktøy har skapt et nytt fagfelt som i dag er kjent som bioinformatikk.

Bioinformatikk involverer bruk av datakraft for lagring, gjenfinnelse, analyse og visualisering av informasjon relatert til biologiske makromolekyler som DNA, RNA og proteiner.

Bio-oppdagelse

Bioøkonomi er produksjon og omdannelse av fornybare biologiske ressurser og restråstoffer, til verdifulle produkter. Produkter kan være mat, fôr, fiber, bioaktive stoffer og bioenergi. Bio-oppdagelse /prospektering er framhevet som ansatsen mot å nå målene for bioøkonomien i det 21ste århundre. Et viktig prinsipp i bioøkonomien er å utnytte alle verdiene som finnes biomasse og restråstoffer og la minst mulig gå til spille.

Bioprosessteknologi (BPT) er metodene og verktøyene vi nytter for å hente ut og isolere disse stoffene - både i laboratoriet og i stor skala. Med fysisk, kjemiske og enzymatiske metoder kan vi skille selv små molekyler fra hverandre og få dem laget i en renset, virksom form. Når vi bruker bioprosessteknologi økes merverdien av råstoffet og viktige næringsstoffer tas inn igjen i et større kretsløp.

Eksempler på prosjekter

• AMR-Diag: Et nytt diagnostisk verktøy for sekvensbasert prediksjon av antibiotika resistens
• Elucidation of underlying factors influencing fertility in modern, efficient livestock production through novel epigenomics and metabolomics
• Freezing tolerance in strawberry. Molecular mechanisms of freezing tolerance in strawberries: marker development

• Prosess for utvinning av potetprotein av næringsmiddelkvalitet 
• Antimikrobielle stoffer i reinlav 
• Bioprospektering etter nyttige cellulase-enzymer i vom hos Elg

Maskinvare

• Server 1: 72 cores, 1 TB RAM, 30 TB storage
• Server 2: 56 cores, 512 GB RAM, 24 TB storage
• 2 DELL Precision Tower Linux Workstations

• Tilgang til norsk bioinformatikk-infrastruktur som StoreBioinfo, NelS, Stallo supercomputer

Programvare

• Schrodinger Small Molecule Drug Discovery suite
• Schrodinger Biologics suite
• CLC genomics workbench
• Omicx Box

I tillegg et antall open source programmer og nettbaserte tjenester.

Forskningsplattformer / metoder

• Fermentering – lab (3 L) og pilot (75 L) reaktor (Bioengineering), rysteinkubator 6 x 2 L (NB)
• Proteinrensing – Automatisert biokromatografi på GE ÄKTA Pure / Start. Ekspanded Bed (EBA) og Radial Flow (RFC) pilotskala-kolonner. Crossflow ultra- /mikrofiltrering (Millipore/Pall).
• Naturstoff isolering – faststoff/væske ekstraksjon
• Diverse analytiske instrumentplattformer

Samarbeidspartnere

Nasjonalt

• OUS - Prof. Kjetil Tasken, Director Inst. Cancer Research, Radiumhospitalet
• OUS – Dr. Arne Michael Taxt (Ullevål)
• UiO – Profs. Fernanda Petersen & Sundeep Sahay, Dr. Jan Haug Anonsen
• UiT – Profs. Ruth Paulsen, Arnfinn Sundsfjord
• Folkehelse Institutt – Dr. Umaer Naseer
• UNN – Prof. Ørjan Samuelsen; UiB - Profs. Vidar Bakken & Audun Nerland
• NOFIMA, Ås - Drs. Astrid Nilsson & Stefan Sahlström
• NMBU, Ås - Prof. Gerd Vegarud and Dr. Kamalpreet Kaur
• Graminor – Dr. Muath Alsheikh
• Geno – Dr. Trygve Roger Solberg

Internasjonalt

• KTH, Stockholm – Prof. Ahmed Hemani
• Uppsala University – Dr. Manfred Grabherr
• Univ. of York, UK - Drs. Raymond Sloan and Mark Gronnow
• Indian Council of Medical Research – Dr. Harpreet Singh
• All India Institute of Medical Sciences – Profs. Punit Kaur and Arti Kapil
• Tallinn University, Estonia/Indian Institute of Technology – Prof. Kolin Paul
• South Bohemian Univ., Czech Republic Profs. Jan Bartov & Veronica Bartova
• University of Århus, Denmark - Prof. Lotte Bach-Larsen

Relevante kurs

BSc:         

• 2BT201 Bioprocess Technology (15 ECTS, autumn)
• 2BT211 Industrial biotechnology (5 ECTS, spring)  

MSc:         

• 2BIO012 Bioinformatics and Biostatistics (15 ECTS, spring)
• 2BIO035   Bioprocess Technology (5 ECTS, spring)

PhD:         

• Bioinformatics and biostatistics (5 ECTS)
• Structure and function of biological macromolecules (10 ECTS)
• Seminars in bioprocess technology (5 ECTS)