Bioinformatikk & Bio-oppdagelse (B&B)

Overordnet mål for forskningsgruppen B&B er å styrke forskningen i bioinformatikk og bio-oppdagelse ved HINN, for å tiltrekke ekstern finansiering og bidra til publisering i høyt rangerte internasjonale tidsskrifter.
For å oppnå dette, har vi satt følgende delmål
- Tilby støtte i bioinformatikk til alle pågående prosjekter og nye forskningssøknader
- Igangsette prosjekter, både forsknings- og innovasjonsdrevne, for å muliggjøre verdiskapning fra bioråstoff
- Vedlikeholde og utvikle essensielt vitenskapelig utstyr, både analytiske og prosessaktige plattformer, slik at det kan drives allsidig forskning innen bio-oppdagelse og bioinformatikk
- Stimulere samarbeid og samhandling med andre forskere og med industripartnere, for å styrke felles forskningssøknader
Bioinformatikk
Moderne biologisk forskning involverer oftest anvendelse av matematikk, statistikk eller beregningsverktøy for å analysere biologiske data. Ulike typer av informasjon benyttes for å besvare spesifikke biologiske spørsmål. Bruk av matematiske beregningsverktøy er i dag en integrert del av biologien. Kombinasjonen av biologi og bruk av beregningsverktøy har skapt et nytt fagfelt som i dag er kjent som bioinformatikk.
Bioinformatikk involverer bruk av datakraft for lagring, gjenfinnelse, analyse og visualisering av informasjon relatert til biologiske makromolekyler som DNA, RNA og proteiner.
Bio-oppdagelse
Bioøkonomi er produksjon og omdannelse av fornybare biologiske ressurser og restråstoffer, til verdifulle produkter. Produkter kan være mat, fôr, fiber, bioaktive stoffer og bioenergi. Bio-oppdagelse /prospektering er framhevet som ansatsen mot å nå målene for bioøkonomien i det 21ste århundre. Et viktig prinsipp i bioøkonomien er å utnytte alle verdiene som finnes biomasse og restråstoffer og la minst mulig gå til spille.
Bioprosessteknologi (BPT) er metodene og verktøyene vi nytter for å hente ut og isolere disse stoffene - både i laboratoriet og i stor skala. Med fysisk, kjemiske og enzymatiske metoder kan vi skille selv små molekyler fra hverandre og få dem laget i en renset, virksom form. Når vi bruker bioprosessteknologi økes merverdien av råstoffet og viktige næringsstoffer tas inn igjen i et større kretsløp.
Eksempler på prosjekter
- AMR-Diag: Et nytt diagnostisk verktøy for sekvensbasert prediksjon av antibiotika resistens
- Elucidation of underlying factors influencing fertility in modern, efficient livestock production through novel epigenomics and metabolomics
- Freezing tolerance in strawberry. Molecular mechanisms of freezing tolerance in strawberries: marker development
- Prosess for utvinning av potetprotein av næringsmiddelkvalitet
- Antimikrobielle stoffer i reinlav
- Bioprospektering etter nyttige cellulase-enzymer i vom hos Elg
Maskinvare
- Server 1: 72 cores, 1 TB RAM, 30 TB storage
- Server 2: 56 cores, 512 GB RAM, 24 TB storage
- 2 DELL Precision Tower Linux Workstations
- Tilgang til norsk bioinformatikk-infrastruktur som StoreBioinfo, NelS, Stallo supercomputer
Programvare
- Schrodinger Small Molecule Drug Discovery suite
- Schrodinger Biologics suite
- CLC genomics workbench
- Omicx Box
I tillegg et antall open source programmer og nettbaserte tjenester.
Forskningsplattformer / metoder
- Fermentering – lab (3 L) og pilot (75 L) reaktor (Bioengineering), rysteinkubator 6 x 2 L (NB)
- Proteinrensing – Automatisert biokromatografi på GE ÄKTA Pure / Start. Ekspanded Bed (EBA) og Radial Flow (RFC) pilotskala-kolonner. Crossflow ultra- /mikrofiltrering (Millipore/Pall).
- Naturstoff isolering – faststoff/væske ekstraksjon
- Diverse analytiske instrumentplattformer
Samarbeidspartnere
Nasjonalt
- OUS - Prof. Kjetil Tasken, Director Inst. Cancer Research, Radiumhospitalet
- OUS – Dr. Arne Michael Taxt (Ullevål)
- UiO – Profs. Fernanda Petersen & Sundeep Sahay, Dr. Jan Haug Anonsen
- UiT – Profs. Ruth Paulsen, Arnfinn Sundsfjord
- Folkehelse Institutt – Dr. Umaer Naseer
- UNN – Prof. Ørjan Samuelsen; UiB - Profs. Vidar Bakken & Audun Nerland
- NOFIMA, Ås - Drs. Astrid Nilsson & Stefan Sahlström
- NMBU, Ås - Prof. Gerd Vegarud and Dr. Kamalpreet Kaur
- Graminor – Dr. Muath Alsheikh
- Geno – Dr. Trygve Roger Solberg
Internasjonalt
- KTH, Stockholm – Prof. Ahmed Hemani
- Uppsala University – Dr. Manfred Grabherr
- Univ. of York, UK - Drs. Raymond Sloan and Mark Gronnow
- Indian Council of Medical Research – Dr. Harpreet Singh
- All India Institute of Medical Sciences – Profs. Punit Kaur and Arti Kapil
- Tallinn University, Estonia/Indian Institute of Technology – Prof. Kolin Paul
- South Bohemian Univ., Czech Republic Profs. Jan Bartov & Veronica Bartova
- University of Århus, Denmark - Prof. Lotte Bach-Larsen
Relevante kurs
BSc:
- 2BT201 Bioprocess Technology (15 ECTS, autumn)
- 2BT211 Industrial biotechnology (5 ECTS, spring)
MSc:
- 2BIO012 Bioinformatics and Biostatistics (15 ECTS, spring)
- 2BIO035 Bioprocess Technology (5 ECTS, spring)
PhD:
- Bioinformatics and biostatistics (5 ECTS)
- Structure and function of biological macromolecules (10 ECTS)
- Seminars in bioprocess technology (5 ECTS)