Bioinformatikk

Illustrasjon bioinformatikk

Moderne biologisk forskning involverer oftest anvendelse av matematikk, statistikk eller beregningsverktøy for å analysere biologiske data. Ulike typer av informasjon benyttes for å besvare

Modell bioinformatikk

spesifikke biologiske spørsmål. Bruk av matematiske beregningsverktøy er i dag en integrert del av biologien. Kombinasjonen av biologi og bruk av beregningsverktøy har skapt et nytt fagfelt som i dag er kjent som bioinformatikk.

Bioinformatikk involverer bruk av datakraft for lagring, gjenfinnelse, analyse og visualisering av informasjon relatert til biologiske makromolekyler som DNA, RNA og proteiner.

Prosjekteksempler

Relevante emner

2BIO012 – Bioinformatikk og biostatistikk (15 ECTS, masternivå)

Maskinvare

  • Server 1: 72 cores, 1 TB RAM, 30 TB storage
  • Server 2: 56 cores, 512 GB RAM, 24 TB storage
  • 3 DELL Precision Tower Linux Workstations
  • Tilgang til norsk bioinformatikk-infrastruktur som StoreBioinfo, NelS, Stallo supercomputer

Programvare

  • Schrodinger Small Molecule Drug Discovery suite
  • Schrodinger Biologics suite
  • CLC genomics workbench
  • BLAST2GO

I tillegg et antall open source programmer og nettbaserte tjenester.

Nasjonale samarbeidspartnere

  • Professor Kjetil Tasken, Universitetet i Oslo
  • Doktor Arne Michael Taxt, Oslo universitetssykehus
  • Doktor Umaer Naseer, Folkehelseinstituttet, Oslo
  • Doktor Muath Alsheikh, Graminor AS
  • Doktor Tryge Roger Solberg, Geno AS
  • Professor Nils-Peder Willassen, Universitetet i Tromsø

Internasjonale samarbeidspartnere

  • Professor Derek Crook, University of Oxford
  • Doktor Zamin Iqbal, European Bioinformatics Institute
  • Professor Ahmed Hemani, KTH, Stockholm, Sverige
  • Doktor Manfred Grabherr, Uppsala University, Sverige
  • Professor Kolin Paul, IIT Delhi, India
  • Professor Punit Kaur og Arti Kapil, All India Institute of Medical Sciences, Delhi, India
  • Doktor Harpreet Singh – Indian Council of Medical Research, Delhi